Annalyse Microbiologique

en que ne faisant pas partie des microbes (germes) sont responsable de maladies infectieuses transmissibles. Un agent infectieux pathogène obligatoire est soit : • un micro-organisme qui ne fait pas partie de notre flore normale et qui provoque une infection. Son identification est toujours pathologique, ce qui veut dire que sa présence provoque en règle générale des manifestations cliniques ( exemple : le virus VIH, la bactérie du choléra) ; • un micro-organisme pouvant faire partie de notre flore mais dont la présence (l’identification) dans certains sites ou localisations entraîne en règle générale des manifestations cliniques ( exemple : la bactérie de la méningite à méningocoque peut être retrouvée dans la gorge sans infection alors que sa présence dans le liquide céphalorachidien provoque toujours une méningite). Un agent infectieux pathogène occasionnel est un micro-organisme qui peut faire partie de notre flore normale sans entraîner de manifestation clinique mais qui peut dans certaines circonstances être responsable de maladies (exemple : Staphylocoque épidermidis de la peau peut infecter occasionnellement une blessure). Un agent infectieux opportuniste est un germe qui est habituellement peu agressif mais qui peut le devenir et provoquer des infections graves dans certaines circonstances, en particulier chez des patients présentant une altération des défenses immunitaires (exemple : Pneumocystis carinii provoque des pneumonies chez le patient VIH).

M:\DAM\DAMPH\CPetignat\COURS 03-05\cours TRM\cours 2005\Pathol_infectieuse_complet_TRX_2005.doc

3/37

III. Réservoir

On va retrouver ces agents infectieux dans différents types de réservoirs (endroit ou le germe se multiplie et se maintient). Les différents réservoirs sont l'homme, l'animal et l'environnement (eau, air, surfaces). Les réservoirs des micro-organismes peuvent donc être endogènes (germes se trouvant chez le patient) ou exogènes (germes se situant dans l’environnement du patient). Les notions de réservoir endogène et exogène sont importantes à connaître car elles permettent d'agir de façon différente dans les mesures de prévention.

IV. Source de l'infection / de la colonisation

Il s'agit du lieu de contact entre l'agent infectieux et l'hôte. Source et réservoir ne sont pas obligatoirement identiques, par exemple lors d'intoxication alimentaire à salmonelles le réservoir peut être aussi bien le cuisinier que la nourriture et la source dans les deux cas est identique (nourriture).

V. Transmission de l'agent infectieux Il existe différents modes de transmission (acquisition des germes): • par contact • par voie aérienne (gouttelettes, aérosols) • par l'intermédiaire de supports contaminés (eau, aliment).ou de vecteurs (insectes)

La voie de transmission dépend du germe. Les voies les plus fréquentes sont : ⇒ la voie cutanéo-muqueuse (transmission de germes cutanés dans la bouche) ⇒ la voie fécale-orale (conditions d’hygiène non respectées) ⇒ la voie respiratoire (émission de micro-gouttelettes lors d’éternuement, de toux et réception de ces micro-gouttelettes lors de l’inspiration) ⇒ la voie sexuelle ⇒ la voie parentérale (transmission de germes dans le sang lors de blessure, transfusion) ⇒ par l’intermédiaire de vecteurs vivants tel les animaux (malaria transmise lors de piqûre de moustiques infectés) ⇒ la voie verticale (voie mère-enfant durant la grossesse)

VI. Colonisation

L'homme est colonisé par une flore très large et diversifiée appelée flore normale. Il existe entre la flore et l’hôte un équilibre qui peut être rompu dans des circonstances particulières. Cette rupture d'équilibre permet la colonisation (l'acquisition) par de nouveaux germes. Ce risque de colonisation va dépendre : ♦ de l'état du patient ♦ de la pression du réservoir exogène. L'état du patient peut être altéré par différents mécanismes dont les principaux sont : ⇒ une antibiothérapie antérieure qui va modifier ou détruire la flore normale, ⇒ la présence de corps étrangers tels des cathéters, des sondes vésicales, ⇒ la présence d'infections graves pouvant modifier les défenses immunitaires.

M:\DAM\DAMPH\CPetignat\COURS 03-05\cours TRM\cours 2005\Pathol_infectieuse_complet_TRX_2005.doc

4/37

En présence d'un réservoir exogène fortement colonisé par certains germes, le risque d'acquisition de ces germes augmente. Le patient va donc se coloniser par des germes qui habituellement n’appartiennent pas à sa flore. Dans une grande majorité des cas, il va se recréer un nouvel équilibre.

VII. L'hôte

L'hôte (l’homme) possède une série de mécanismes de défense dont les principaux sont les barrières anatomiques (peau et muqueuse), l'immunité naturelle (cellules sanguines, anticorps) et la flore normale. La peau et les muqueuses sont les barrières anatomiques qui empêchent de nouveaux germes d'entrer dans le milieu interne. Ces barrières peuvent être altérées soit par des infections sous-jacentes (altération des propriétés biochimiques, cellules épithéliales, disparition des cils vibratoires (muqueuse bronchique), altération du péristaltisme digestif ou par des actes médico-chirurgicaux (plaies opératoires). Les défenses immunitaires peuvent être altérées par certaines maladies (néoplasie, maladies congénitales, maladies immunologiques) ou par certains médicaments [stéroïdes (cortisone), immunosuppresseurs]. Dans la flore normale il existe une compétition entre les différents germes (nutriments, production de substances bactéricides par certains germes, régulation du pH). Cette flore peut être altérée par l'administration de médicaments comme les antibiotiques ou certains antacides.

Résumé des mécanismes de défense de l’hôte

Barrière anatomiqu e Barrières Mécanismes de défense peau et muqueuse ♦ intégrité

♦ ♦ ♦ ♦

Altéré par:

• •

affections sous-jacentes actes médico-chirurgicaux

flore propriétés biochimiques cils vibratoires péristaltisme polynucléaires macrophages anticorps préformé protéines plasmatiques fièvre complément lymphocyte B humorale par anticorps) lymphocyte cellulaire) différents T ( (immunité • formation • immunité pour • médicaments (antibiotiques, antacides) certaines maladies médicaments (stéroïdes, immunosuppresseurs,)

• • •

Immunité naturelle

non spécifique

♦ ♦ ♦ ♦ ♦ ♦

néoplasies (cancers) certaines maladies médicaments (stéroïdes, immunosuppresseurs)

spécifique

♦

♦

Flore normale

♦ ♦ ♦ ♦ ♦

compétition nutriment récepteur

entre

germes

production de bactéricide altération du milieu (pH) stimulation protecteurs de la production d’anticorps

M:\DAM\DAMPH\CPetignat\COURS 03-05\cours TRM\cours 2005\Pathol_infectieuse_complet_TRX_2005.doc

5/37

.

VIII. Infection Dans certains cas, l’équilibre entre les germes et l’hôte ne se crée pas et le patient développe une infection. Une infection implique la présence de micro-organismes dans un site habituellement stérile ou non stérile et est toujours accompagnée par une réponse inflammatoire de l’hôte. Le risque d'infection va dépendre de plusieurs facteurs dont: ♦ des micro-organismes introduits ♦ du nombre de germes introduits ♦ de la virulence du germe ♦ des mécanismes de défense du patient ♦ de la présence de corps étrangers Période d’incubation La période se situant entre le moment de l’infection (moment où le germe pénètre dans l’organisme) et le moment de l’apparition de signes cliniques d’infection se nomme la période d’incubation. Elle est très variable d’un germe à l’autre. Pour un même germe, cette période d’incubation va également dépendre de facteurs liés à l’hôte (immunité). Période de latence C’est le laps de temps qui s’écoule entre le moment de l’infection et le moment où l’agent infectieux devient transmissible à un autre individu. Période de contagiosité La période durant laquelle l’agent infectieux est transmissible d’une personne à l’autre se nomme période de contagiosité La présence d’une infection implique l’apparition de signes locaux (signes inflammatoires tels que rougeur chaleur et douleur, ganglions) et /ou des signes généraux (fièvre, frissons chute de la pression sanguine).